2016 TFF Futsal Ligi'nde il eleme grubu müsabakalarını birinci sırada tamamlayan toplam 20 takım, Türkiye finalleri 1. grup aşamasında yer almaya hak kazanacak. İl eleme grubu müsabakaları tek devreli lig usulünde oynanacak. 4, 5 ve 6 takımın mücadele ettiği illerde maçlar tek grup, 7 ve 8 takımın mücadele ettiği illerde ise iki grup şeklinde oynanacak. Takımların yer alacağı gruplar ve fikstür, kura usulüyle belirlenecek. 7 ve 8 takımın bulunduğu illerde gruplarında birinci olan takımlar arasında oynanacak tek eleme maçı ile il birincisi tespit edilecek. Türkiye finalleri 1. grup aşamasında takımlar 5'erli 4 grup halinde mücadele edecek. Gruplar kura usulüyle belirlenecek, müsabakalar tek devreli lig usulünde oynanacak. Türkiye finalleri 1. grup aşamasındaki 4 grubun birincisi ve ikincisi, Türkiye finalleri 2. grup aşamasına çıkmaya hak kazanacak.
Türkiye finalleri 2. grup aşaması, 4'er takımlı 2 grup halinde oynanacak. Gruplar kura usulüyle belirlenecek ve müsabakalar tek devreli lig usulünde oynanacak. Müsabakalar sonucunda her iki grubun ilk iki sırasında yer alan takımlar, 2016 TFF Futsal Ligi'nin yarı finallerinde yer almaya hak kazanacak.
2016 TFF Futsal Ligi'nin yarı finalleri tek maç eleme usulünde oynanacak. Grup birincileri ile ikincileri çapraz eşleşme ile karşı karşıya gelecek. Kazanan takımlar finalde karşılaşırken, kaybeden takımlar ise 3.'lük maçında karşı karşıya gelecek. Final maçını kazanan takım 2016 TFF Futsal Ligi şampiyonu unvanını elde edecek ve UEFA Futsal Kupası'nda Türkiye'yi temsil etme hakkını kazanacak.
